God jul!
Julebak!
Dagens meny?
Luciafirande...tentamen...tentamen...luciafirande...åh så svårt, vad ska man välja?
Statistiken och livet som doktorand
Vid fikat i går kom min handledare in i fikarummet med den glada, pillemariska glada uppsyn han alltid har när han kommit på något nytt och spännande, tittade på mig och sa (fortfarande med pillemarisk uppsyn): "Jag vill prata med dig!" Det är då man undrar vad man nu ska råka ut för. Min handledare är en hel kreativ forskningsmiljö alldeles ensam, han har alltid jättemycket idéer och hälften förkastar eller glömmer han bort ganska fort igen, men det är inte alltid lätt för hans stackars doktorander att hänga med. Han fortsatte: "Jag har hittat ett test för multimodalitet." Utan att gå närmare in på vad multimodalitet betyder så är det här man som hans doktorand drar öronen åt sig lite: Vad det här betyder för doktorandens arbetssituation är:
1. Han har hittat ett test som han inte själv använt innan. Det betyder med största sannolikhet att jag aldrig ens hört talas om det och kommer att behöva en del tid för att sätta mig in i det.
2. Det kommer att innebära mycket extra arbete som man inte räknat med: Först införskaffa kunskaperna som behövs, sedan analysera sitt data med testet i fråga, sedan tolka resultaten, och sedan presentera det på ett vettigt sätt.
3. Om det funkar är det riktigt roligt att både ha lärt sig något helt nytt och att ha ett lite mer ovanligt test i sitt papper som omväxling till anovorna (ANOVA = ANalysis Of VAriance är ett väldigt vanligt statistiskt test).
4. Om det inte funkar innebär det mycket bortkastad tid.
Denna gång tillade min handledare dock att han själv redan gjort testet (Hardigan´s dip test), så en del av jobbet på punkt 2 ovan föll bort. Men jag kände fortfarande att jag faktiskt måste begripa vad testet gick ut på. Jag läste på lite, tittade på resultaten som min handledare skrivit ut och började skriva om testet i metod-delen av pappret jag jobbar med. Samtidigt funderade jag lite runt testet och konstaterade efter en stund att något inte stämde. Så jag gick in till min handledare och följande samtal utspann sig:
Jag (K): -Jag har funderat lite och jag förstår inte riktigt hur du har gjort det här.
Min handledare (H): -Ok, vad är det du inte förstår?
K: -Du har gjort det här testet på hela datasetet va? På alla lokalerna?
H: -Ja
K: -Både inne och ute?
(inne och ute syftar på lokaler inne i och utanför den vik där proverna är tagna)
H:-Ja...Det har du rätt i! Det ska ju bara vara ute!
K:-Ja, vi borde väl bara testa ute?
H: -Ja, och då blir det inte signifikant. Vänta...
(vänder sig mot datorn och kör om testet på utedelen av datasetet = mycket färre provpunkter = svårare att se mönster)
H: -Nä, då blev det inte signifikant.
K: Synd!
H: -Ja...vi får skippa det.
Alltså blir det inget test av multimodalitet i det pappret eftersom det inte styrkte de mönster vi ser på annat vis. Och man känner sig lite som de besvikna gamarna i fotbollsmatchfilmen (ja, jag är medveten om att få personer förstår vad detta betyder) eftersom vid det här laget den första känslan av "åh nej, inte ett test till!" hunnit bytas ut mot "åh, spännande, kul med ett lite mer ovanligt test i pappret"!
Det var exempel ett. Exempel två: För någon vecka sedan hade jag ett möte med handledaren där vi diskuterade hur vi skulle analysera en del av våra data. Handledaren föreslog ett test och gav mig R-koden för att göra det. Handledaren är väl bevandrad i statistikprogrammet R som jag däremot är ganska dålig på. Och R är ett program där man själv måste skriva programmeringskod (vilket är anledningen till att jag är dålig på det) så det ger sig liksom inte av sig själv hur man ska göra, som i ett program där man kan göra allt i klickbara menyer.
Senare gjorde jag analysen med handledarens kod. Det fungerade inte. Jag mailade handledaren som inte var på institutionen och följande mailkonversation utspann sig (något avkortad).
K: -Jag får inte testet att fungera i R. R ger mig felmeddelandet att funktionen Error inte finns. Jag testade att skriva så här i stället (kopierar R-koden) och då fungerar det så långt att R åtminstone gör en beräkning, men jag tror inte att den är rätt.
H: -Nej, här har jag nog gett dig lite fel kod. Error beskriver en nestad struktur och jag tror inte det går att använda i den modellen.
(det här innebär helt enkelt att min handledares kod säger åt R att göra beräkningar som inte går att göra. "Nestad" har att göra med hur man tar hänsyn till vissa felfaktorer i analysen)
-Din variant går nog inte heller, eftersom... (statistisk förklaring här som jag inte går in på). Här är ett par förslag på hur man kan lösa det.
(skickar koder till två nya analyser, varav den ena en nestad anova (se anova ovan))
-Men var inte modellen jag körde på isotoperna, eller kommer jag ihåg fel?
K: Ja, det var därför jag misstänkte att min variant inte fungerade men jag kunde inte formulera det.
Modellen du körde var på isotoperna ja, men det var inte alls en sådan här modell, det var en nestad anova. Anledningen till att du ville använda den här modellen i stället var att det gick att stoppa in poissonfördelning i modellen.
(anova förutsätter att datat är normalfördelat)
H: Ja du har naturligtvis rätt. Antingen får vi skippa nestningen så kan du använda den modellen, men på medelvärden per lokal i stället, eller så får vi skippa den och så får du köra en nestad anova på logtransformerade data.
K: Ok. Jag testar båda så får vi fundera på vad som är lämpligast.
Och så slutade återigen en bra statistisk idé (modellen med poissonfördelningen) med en vanlig tråkig anova, fast med dubbelt så mycket jobb som krävts om vi bestämt oss för att bara göra en sådan från början...Jaja, sånt är livet i forskarvärlden. Men som sagt, när man väl får rätt på den där eländiga statistiken så är man å andra sidan väldigt nöjd.
Nobelspecial i julkalendern!
Doris
Äntligen har jag lyckats få ett par bilder på Doris!
Doris är utanför sin håla nästan alltid så jag har själv inga svårigheter att få se henne, men att öppna locket och ta en bild så att andra också kan få beundra henne...nä minsann! Då försvinner hon ner i sitt hål blixtsnabbt. Men nu har jag lyckats, så här är ett par bilder på en nyömsad Doris, vackert svart med gyllene lockar. Se och njut!
En klapp till någon som verkligen behöver en
Actionaid
Bara så att ni vet...
(Carl Clerck 1757)
Titel?
Matvanor hos spindlar är en komplicerad historia, inte bara ekologiskt utan även skrivtekniskt...
Isotopkurs...
Ägnar jag för tillfället mycket tid åt. Den är intressant men det är ändå lite tveksamt om tiden är väl använd eftersom jag redan kan en hel del om ämnet ,och det jag inte kan är sådant som jag troligen inte har någon större användning för (som t.ex. de arkeologiska tillämpningarna). Inte så att jag har något emot att lära mig saker jag inte har praktisk nytta av, inte alls! Det är då det är roligast att lära sig saker, när man inte måste. Men jag har ju så ont om tid nu, och i slutet av nästa vecka ska jag ha ett manus i stort sett färdigt vilket är svårt att hinna med när man är på föreläsningar varje dag. Men intressant är det, i synnerhet de där sakerna jag inte kan redan förstås även om de ligger en bit ifrån det jag gör (dagens föreläsning handlade om arkeologi...). fast jag har fått dispens från det praktiska momentet på kursen, läraren höll med mig om att det inte var nödvändigt att jag gjorde tio prover under kursen för att lära mig preparera isotopprover när jag redan jobbat med isotopprover i över tre år och skickade ett par hundra för analys bara förra månaden...
Några nya saker jag lärt mig om stabila isotoper:
-Geocentrum på universitetet har nyligen köpt en ny masspektrometer för isotopanalyser för 3 miljoner kronor, en som kan analysera proteiner, lipider med mera. Saker som jag gärna velat analysera i mina prover men som mitt projekt inte har råd med...aaavundsjuk! Jag vill vara doktorand på geocentrum just nu! Fast mina frågeställningar passar väl till och med ännu sämre in där än de gör på botaniska institutionen...
-En av de enda två geologer som någonsin fått nobelpriset fick det för kol 14- metoden. Han gjorde isotopanalyser av material från pyramiderna i Egypten, vars ålder man redan kände till genom andra metoder, och visade därmed att kol 14 kunde användas för att datera organiskt material (jag visste i och för sig redan att kol 14-metoden fått nobelpris, men jag har inte reflekterat över att det är exakt samma typ av isotopanalys som jag använder, fast med en stabil och en ickestabil kolisotop i stället för två stabila).
-Neandertalare var tuffingar som bara åt mammutar och andra djur som var stora och farliga, de var till och med högre upp i födokedjan än större rovdjur som t.ex. vargar (åt de dem också?). Och farligt var det, för skeletten man hittat har ofta läkta benbrott. Medan vi mesiga Homo sapiens i stället ägnade oss åt att fiska abborrar (och annan fisk). Neandertaltuffingarna fiskade inte ens i de fall de faktiskt bodde nära stränderna! (För den som inte redan vet kan alltså stabil isotopanalys användas för att analysera dieter, det är det jag gör med mina spindlar.)
-Grottbjörnar var strikta vegetarianer, inte allätare som de flesta björnar (jag visste det också, men inte att man använt isotopanalyser för att ta reda på det. Vår huvudlärare på kursen har jobbat med bland annat grottbjörn (nu pratar vi tuff studieorganism, fast den är utdöd!)
-Under bondestenåldern bodde det en folkgrupp på Öland vid där den i arkeologi vanliga sophögsanalysen (nä det heter inte så) tydde på att deras diet skulle bestå av ca 50% fisk och 50% vildsvin (de hade massor av benrester från fisk och vildsvin, samt betar, vid sina bostäder). Grisen var domesticerad vid den här tiden även om den fortfarande i allt väsentligt var ett vildsvin, så det var tamgrisarnas förfäder. En isotopanalys visade däremot att vad folket faktiskt åt framför allt var...säl och tumlare!
-Bockstensmannen var en berest man. Det häftiga med det är inte att han faktiskt reste (det visste jag redan) utan att man använt stabila isotoper för att ta reda på det. Nästa steg i den forskningen är att göra mer detaljerade analyser av proteiner och lipider (se tremiljonersmaskinen ovan) för att även ta reda på exakt var han har varit.
-Isotopanalys har använts för att studera den geografiska utbredningen av generna för laktostolerans, för att undersöka varför vi i Europa (och länder som invandrats av europeer förstås , som USA), ofta kan dricka mjölk även som vuxna vilket folk i många andra delar av världen inte kan. Det finns en jättetydlig gradient från södra till norra Europa, där fler är mjölktoleranta ju längre norrut man kommer. Vi har alltså en hyfsat lokal evolutionär anpassning i Europa för att kunna dricka mjölk som vuxna, i synnerhet häruppe i norr! Det finns även mjölktolerans i delar av Afrika, men där är det en annan gen så det har alltså skett en parallell evolution vilket i sig är häftigt. Och framför allt är det häftigt att man använder stabil isotopanalys till sådant här. Man kan ju undra också om ökningen av laktosintolerans beror på att vi reser mer och har ett större genetiskt utbyte med folk som saknar generna för att kunna hantera laktos?
Julkalendern fungerar!
Gårdagens krångel med bloggen och julkalendern är som bortblåst, idag fungerar allt som det ska och dagens fråga finns i julkalendern.
Julkalendern...
Julkalendern
Julkalendern strular i dag, jag ber om ursäkt för detta! Jag lägger dagens fråga här så länge och så hoppas jag att det ordnar sig till i morgon. Kom ihåg att inte svara på frågan genom att kommentera här (eller på julkalendersidan) -spara svaren till efter sista frågan (julafton) så ska ni få lämna dem då på ett sätt som inte innebär att alla andra kan tjuvkika på era svar.
Dagens fråga : Nu blir det lite svårare. Vet ni vilka arter mina spindlar tillhör?
Julkalendern
julkalendern
Julkalendern!
Spiindlarnas julkalender
